Children of Dune fasst Frank Herberts Romane „Dune Messiah“ und „Children of Dune“ in einer dreiteiligen Miniserie zusammen. Alles beginnt zirka ein Jahrzehnt nach den Ereignissen des Vorgängers: Paul Muad’dib Atreides ist Imperator, und nach seinem Djihad beherrscht er das Universum nun fast vollständig.
Nach mehreren Mordversuchen werden seine Kinder Leto II and Ghanima geboren, welche, genau wie seine inzwischen erwachsen gewordene Schwester Alia, mit dem Wissen der Jahrhunderte ausgestattet sind. Allerdings erblindet Paul und zieht nach alter Frementradition hinaus in die Wüste.
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